Las políticas de la Colonia y del México actual sobre los pueblos indígenas han sido no un conjunto ordenado y etiquetado de planes y programas para beneficiar a los pueblos, sino parte de un proceso político y social conflictivo a lo largo de cinco siglos. Este proceso ha tenido como eje recurrente el cuestionamiento de la condición política de los pueblos indígenas y de sus derechos agrarios. Cinco siglos no han logrado destruir totalmente los fundamentos de la vida colectiva indígena. El levantamiento armado ha sido a menudo la respuesta a los reiterados intentos de desaparecer los valores de sus comunidades. La propiedad comunal de la tierra aparece como más compleja e importante que la individual: se trata de un ordenamiento cultural en que el trabajo, la economía y la integración política de los individuos y las familias se asumen como un sistema de valores también colectivo.
El surgimiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional propició, entre otras cosas, el debate sobre ciertas cuestiones fundamentales en torno a los derechos de los pueblos indígenas: el reconocimiento de los pueblos indios como sujetos de derecho público y no como entidades de interés público, el reconocimiento de territorios y gobiernos autónomos indígenas, así como la recomposición de los municipios de acuerdo con los pueblos indios que los habiten.
Gran parte de la vida de las comunidades indígenas desde hace siglos se desenvuelve por una toma de decisiones autónomas. Los ámbitos de estas decisiones son muy vastos. Un ejemplo básico es el ordenamiento laboral solidario, no remunerado, conocido como "fajina", "tequio" o "trabajo comunitario". Una institución social como ésta ha sido esencial para la subsistencia de numerosas comunidades incapaces de contratar mano de obra.
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