Tras la llegada al gobierno de Felipe Calderón se ha iniciado una nueva fase en la guerra de baja intensidad en Chiapas. En el contexto de una militarización acelerada de la vida pública nacional, el renovado proyecto contrainsurgente en Chiapas adquiere modalidades propias ante el avance y consolidación de los municipios autónomos zapatistas en resistencia.
Definido como el "enemigo interno", el Ejército Zapatista de Liberación Nacional y sus bases de apoyo son el blanco de una nueva escalada de violencia en curso instrumentada por la Secretaría de la Defensa Nacional, en la que participan distintos cuerpos policiales de nivel federal y estatal, y que cuenta, además, con la reactivación de antiguas estructuras paramilitares y la presencia in situcuerpos de paz estadunidenses.